潔淨室/無塵室通過使用採用層流或湍流原理的 HEPA 或 ULPA 過濾器來保持無顆粒空氣。層流或單向氣流系統將過濾後的空氣以恆定的氣流向下或水平方向引導至位於潔淨室/無塵室地板附近牆壁上的過濾器，或通過凸起的穿孔地板面板進行再循環。
湍流或非單向氣流 (Turbulent or non unidirectional, air flow ) 使用層流罩和非特定速度過濾器來保持潔淨室/無塵室中的空氣持續運動，儘管並非都在同一方向。粗糙的空氣試圖捕獲空氣中可能存在的顆粒並將它們推向地板，在那裡它們進入過濾器並離開潔淨室/無塵室環境。美國 FDA 和歐盟已經制定了微生物污染的指導方針和限制，這些指導方針和限制非常嚴格，以確保藥品中不受微生物污染。
層流氣流系統 (Laminar air flow systems) 通常用於 80% 的潔淨室/無塵室天花板，以保持恆定的空氣處理。不銹鋼或其他非脫落材料用於構造層流式氣流過濾器和罩，以防止多餘的顆粒進入空氣。
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